明孝宗年间京郊迦叶寺是一座有名的大寺院，以法规严谨著名，寺中众僧，都严守清规，不苟言笑，唯独一人除外，他就是杂役--小不懂！不懂极为聪明，鬼主意也多，好酒好赌，行事刁钻古怪，寺中高僧常被他弄得啼笑皆非。但不懂却极富同情心，受到镇中人的喜爱。
    一个偶然的机会，不懂帮孝宗渡过了一个难关。二人不知怎的，竟有点莫名的亲切感。孝宗更派不懂到江南，寻找一名会种一种极品茶花的人。原来孝宗还是太子之时，曾微服江南，爱上一名女子，女子还怀了他的龙种。可惜那女子是一名寡妇，丈夫虽在未过门前死去，但立这种女子为太子妃，实在不容于礼教。当时的皇后狠下心，派人屠村。孝宗本以为母子俩都已葬身，但二十年后在江南故地，出现了一株只有那女子才懂得种植的茶花，于是派不懂前往查探。
　　“金阁寺”，江南梅龙镇一所及破落的小寺院。孝宗原来早已派了一人来调查，那人就是无休和尚。无休患有轻微的老人痴呆症,常把不懂弄得啼笑皆非，不懂只想快快把事情办妥，回迦叶寺过他以前的生活。
　　“观自在书院”，一所极负盛名的贵族书院，学生中不乏朝中大官的儿子。无休因感到茶花是出现在书院后山，所以怀疑种植的人是书院中的学生，于是派不懂前往书院担当老师，教授德业，从中调查。不懂被派负责的，是书院中最难缠的一班。班中学生，都有各种不同的问题，其中为首的，正是院士的女儿籽言。籽言青春貌美，是学生中的头子，但是反叛成性，以赶不懂离开书院为目标，所以事事与不懂作对。
　　不懂为了调查茶花一事，对各个学生都十分留意。不懂凭着各种稀奇古怪的教学方法，更将一个一个学生教好。不懂开始满足了，他甚至喜欢上了当这个春风化雨的老师。
　　书院中有一名学生朱正，虽有才能，却极缺乏自信。不懂对他总有着一份莫名的亲切感，不但帮他回复自信，更助他把心爱的女子李凤姐追到手里......
　　却原来，这朱正便是当今太子，即孝宗之子。当此时，孝宗病重，不懂及无休虽查不出端倪，也被逼回去述职。
　　孝宗临危之际，忽然封了不懂为太傅兼大学士，官拜一品，统率六部，匡扶新帝。不懂呆了，正要推辞之际，孝宗却已驾崩。
    太子即位，改国号正德。
　　原来这一切都是孝宗刻意的安排！当时朝内百官分党分派，各自为政，朝内有宁王等几名藩王密谋作乱，正德无德无望，难以服众。一待他登基，宁王等便要乘机起兵谋反。
　　不懂没辜负孝宗的期望，慢慢开始见成效，百官终于归顺，不懂也协助正德粉碎了宁王和瓦喇六皇子的颠覆阴谋。不懂及正德却发现了一个天大的秘密：原来孝宗要不懂寻找的那个儿子不是别人，正是不懂自己！若论年纪，他比正德大，按法统，他才是真命天子......